Дирекция „Координация на програми и проекти" в Министерството на транспорта, информационните технологии и съобщенията е определена за Управляващ орган на Оперативна програма „Транспорт" и ще бъде отговорна за осигуряване ефикасността и коректността при изпълнението на операциите съфинансирани от Европейския фонд за регионално развитие и Кохезионния фонд.

Също така Управляващият орган носи отговорност за разпространението и промотирането на програмата. Чрез публичното представяне на ОПТ се цели подчертаване на ролята на Общността в процеса на развитие на транспортната инфраструктура в България и трябва да гарантира, че помощта предоставяна от Европейския фонд за регионално развитие и Кохезионния фонд се управлява и разходва прозрачно.